IISマネージャって、GUIなのはいいんだけど、どこ変更したか忘れちゃうんですよね。
Windows Server 2003 の IIS 6.0 では、iiscnfg というコマンドで 、設定情報(メタベース) をXMLファイルにエクスポートできる、と。
このXMLは割と適切に改行されているみたいなので、そのままバージョン管理ソフトに突っ込んでおけば、変更履歴が明らかになっていい感じです。Apache の http.config に慣れている人とか、テキストファイル派の人にはお勧め。
また、エクスポートしたXMLから設定情報へのインポートもできます。